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昭和14年9月逓信省告示2750号により開所する。名称小樽海員養成所位置北海道小樽市潮見台１番地設置学科航海科，機関科潮見台校舎卒業生昭和16年12月官制改正により逓信省管船局から海務院の所管となる。昭和18年11月官制改正により運輸通信省の所管となる。昭和20年5月官制改正により運輸省の所管となる。昭和27年8月運輸省令第69号により海員養成所規則を海員学校規則に改正，小樽海員学校と改称，本科航海科を本科甲板科と改称。昭和44年4月運輸省令第9号により本科を廃し，高等科を設置，甲機両用教育を実施する。昭和48年3月運輸省令第7号により「乙種二等航海士」及び「内燃機関乙種二等機関士」第一種養成施設に指定される。昭和49年12月文部省告示により高等科を卒業し，海技大学校通信教育部普通科A課程を卒業した者は，高等学校卒業と同等資格が認定される。昭和51年10月新校舎落成移転。位置北海道小樽市桜3丁目21番1号建設中昭和58年12月「五級海技士」（航海）及び「内燃機関五級海技士」（機関）第一種養成施設に指定される。免許講習機関（レ?ダ?観測者講習，救命講習，消火講習及び航海英語講習）に指定される。昭和61年4月運輸省令第13号により高等科を廃し，修業年限3年の本科を設置する。高等科移行課程を設置し，同課程を卒業した者は本科第三学年に編入することができる。昭和61年7月文部省告示101号により本科卒業者は高等学校卒業と同等資格が認定される。昭和61年12月「四級海技士」（航海）及び「内燃機関四級海技士」（機関）の第一種養成施設に指定される。平成4年3月本科を卒業者に対して，修業年限６カ月の乗船実習科を設置，国家試験における乗船履歴を免除される。平成5年4月運輸省令第２号により教科課程の一部改正。平成6年3月運輸省告示第２１１号により四級小型船舶操縦士第一種養成施設に指定される。平成１１年4月運輸省令第２４号により免許講習機関（レ?ダ?・自動衝突予防援助装置シミュレ?タ講習，機関英語講習）を追加指定される。平成13年１月官制改正により国土交通省の所管となる。平成13年4月全国８校の海員学校が統合され，独立行政法人海員学校として発足，これに伴い「国立小樽海上技術学校」に改名。平成18年4月独立行政法人海員学校と独立行政法人海技大学校が統合され、独立行政法人海技教育機構として発足。一級小型船舶操縦士第一種教習所に指定される。